En 1995 se iniciaron las primeras excavaciones de la nueva etapa, dirigidas por los arqueólogos Antonio Moro, Antoni Rigo y con la coordinación de Francesc Tuset. La campaña siguiente, dirigida por el arqueólogo terrassense Antonio Moro, se llevó a cabo en los años 1996-1997 y se extendió hacia el edificio de San Miguel.
Desde el año 1999 hasta el 2003 se llevaron a cabo campañas de excavación casi ininterrumpidas. Este proceso de investigación, el más largo y extenso de la historia del yacimiento, ha permitido conocer muy a fondo la evolución cronológica del espacio desde los primeros pobladores íberos hasta la actualidad.
En el marco del Proyecto, se desarrollaron dos subproyectos: el "Plan especial del conjunto monumental y su entorno" y el "Plan Director del conjunto monumental de las iglesias de San Pedro". En el marco de actuación del Plan Director se llevaron a cabo diversas acciones para profundizar en el conocimiento científico del conjunto de las tres iglesias y procurar la difusión entre los ciudadanos: adecuación y restauración del conjunto, definición de los usos litúrgicos y culturales, intervenciones arqueológicas y museografía.
Para la redacción y ejecución del Plan Director se firmó un convenio de colaboración entre la Generalitat de Cataluña, la Diputación de Barcelona, el Ayuntamiento de Terrassa, el obispado de Barcelona y la parroquia de San Pedro.
Hoy la Sede de Égara forma parte de una de las secciones del Museo de Terrassa y presenta una nueva propuesta museística que ha despertado el interés de estudiosos de diferentes disciplinas académicas. El conjunto es un compendio de arte, de historia y cultura que permite una mirada al pasado desde sus orígenes, desde la época ibérica y romana, pasando por los sucesivos períodos alto medieval, románico, gótico, moderno y contemporáneo.
