Concernant les peintures de Santa Maria et Sant Miquel, les conclusions des derniers rapports techniques effectués par des archéologues, des historiens de l’art, des restaurateurs et des épigraphistes suggèrent une contemporanéité entre les peintures et leur support architectural ; c’est-à-dire que les peintures auraient été réalisées à la période de plus grande splendeur du Siège d'Ègara, entre le VIe et le VIIe siècle.
La décoration picturale se trouve sur toute la surface de l’abside, dont la structure forme presque un dôme entier. La décoration est organisée en cinq registres concentriques délimités par quatre bandes de couleur grenat. Le motif zénithal est composé par deux carrés superposés formant une étoile à huit branches autour de laquelle nous trouvons des motifs décoratifs de plumes de paon et une grande couronne de laurier. D’origine chrétienne, les deux thèmes sont liés au Triomphe et la Résurrection du Christ et apparaissent dans des mosaïques et des manuscrits enluminés de l’Antiquité tardive, comme la mosaïque de la rotonde de Saint-Georges de Thessalonique ou le Dioscoride de Vienne, un manuscrit confectionné au VIe siècle (515 environ).
Les peintures de Sant Miquel présentent une décoration picturale sur deux registres. Celui du haut accueille la représentation d’une théophanie, à savoir, l’image du Christ en majesté et intronisé dans une mandorle soutenue par des anges. Sur le nimbe de Jésus, nous pouvons lire l’inscription « Emmanuel », qui signifie « Dieu avec nous » et qui met en valeur sa double nature humaine et divine. Il ne faut pas oublier que le titre Emmanuel fut employé pour combattre les hérésies qui refusaient la double nature de Jésus, comme l’arianisme qui se répandit dans toute la péninsule ibérique au VIe siècle.
Le retable mural de Sant Pere fut découvert en 1895 lors de la grande campagne de restauration de l’église Sant Pere. Il constitue une des œuvres les plus exceptionnelles conservées au monde, notamment du fait d’être un retable en pierre dégagé du mur absidal, un fait absolument inhabituel à la période médiévale.
Le retable couvre la totalité du lobe central de l’abside et présente une peinture murale sur deux registres divisés par une poutre en bois.
La partie inférieure est rectangulaire et accueille la représentation du Passage de la mer Rouge. La partie supérieure, semi-circulaire, présente une décoration d’anges et chérubins au premier plan, et cinq niches avec saint Pierre, saint Paul et le Tétramorphe, les symboles des quatre évangélistes.
