Pel que fa a les pintures de Santa Maria i Sant Miquel, les conclusions dels darrers informes tècnics realitzats per arqueòlegs, historiadors de l’art, restauradors i epigrafistes suggereixen una contemporaneïtat entre les pintures i el seu suport arquitectònic, de manera que les pintures haurien estat realitzades en el moment de major esplendor de la Seu episcopal d'Ègara, entre els segles VI-VII.
La decoració pictòrica es localitza en tota la superfície de l’absis, que gairebé forma una cúpula sencera per la seva estructura. La decoració està organitzada en cinc registres concèntrics delimitats per 4 franges de color granatós. El motiu zenital està format per dos quadrats superposats que formen una estrella de vuit puntes, al voltant de la qual trobem motius decoratius amb plomes de paó i una gran corona de llorer. Tots dos temes tenen una arrel cristiana, estan vinculats al Triomf i Resurrecció de Crist, i apareixen en mosaics i manuscrits il·luminats de la tardoantiguitat, com el mosaic de la rotonda de Sant Jordi de Salònica o el Dioscórides de Viena, un manuscrit que es va confeccionar al segle VI (c.515).
Les pintures de Sant Miquel presenten una decoració pictòrica en dos registres. El superior acull la representació d’una teofania, és a dir, la imatge de Crist en majestat i entronitzat dins d’una màndorla sostinguda per àngels. Al nimbe de Crist es pot llegir la inscripció “Emmanuel”, que vol dir “Déu amb nosaltres”, i que subratlla la seva doble natura humana i divina. Cal pensar que el títol Emmanuel va ser utilitzat per combatre les heretgies que negaven la doble natura de Crist, com l’arrianisme, que es va estendre per la península ibèrica al segle VI.
El registre inferior de les pintures acull la representació dels dotze apòstols que realitzen una genuflexió i es porten la mà a la boca. Els apòstols estan cantant davant la revelació de la teofania de l'absis.
El retaule mural de Sant Pere va ser descobert l’any 1895 amb motiu de la gran campanya de restauració a l’església de Sant Pere. Constitueix una de les obres més excepcionals que conservem al món, sobretot per la seva concepció com a retaule exempt del mur absidal, totalment inusual en el període medieval.
El retaule cobreix la totalitat del lòbul central de l’absis i presenta pintura mural en dos registres dividits per una biga de fusta.
La part inferior és rectangular i acull la representació del Pas del Mar Roig. La part superior, de forma semicircular, presenta una decoració en primer pla d’àngels i querubins, i cinc fornícules amb sant Pere, sant Pau i el Tetramorf, els símbols dels 4 evangelistes. El retaule va ser realitzat entre els segles VII-VIII, per tant, en una etapa posterior a les pintures dels absis de Santa Maria i Sant Miquel.
