En cuanto a las pinturas de Santa María y San Miguel, las conclusiones de los últimos informes técnicos realizados por arqueólogos, historiadores del arte, restauradores y epigrafistas apuntan hacia la contemporaneidad entre las pinturas y su marco arquitectónico, por lo que cabe pensar que las pinturas fueron realizadas en el momento de mayor esplendor de la Sede episcopal de Égara, entre los siglos VI-VII.
La decoración pictórica se localiza en toda la superficie del ábside, que casi forma una cúpula entera por su estructura. La decoración está organizada en cinco registros concéntricos delimitados por 4 franjas de color granate. El motivo cenital está formado por dos cuadrados superpuestos que forman una estrella de ocho puntas, alrededor de la cual encontramos motivos decorativos con plumas de pavo real y una gran corona de laurel. Ambos temas tienen una raíz cristiana, están vinculados al Triunfo y Resurrección de Cristo, y aparecen en mosaicos y manuscritos iluminados de la Antigüedad tardía, como el mosaico de la rotonda de San Jorge de Salónica o el Dioscórides de Viena, un manuscrito que se confeccionó el siglo VI (c.515).
Las pinturas de San Miguel presentan una decoración pictórica en dos registros. El superior acoge la representación de una teofanía, es decir, la imagen de Cristo en majestad y entronizado dentro de una mandorla sostenida por ángeles. En el nimbo de Cristo se puede leer la inscripción "Emmanuel", que significa "Dios con nosotros", y que subraya su doble naturaleza humana y divina. Cabe pensar que el título Emmanuel fue utilizado precisamente para combatir las herejías que negaban la doble naturaleza de Cristo, como el arrianismo, que extendió por la península Ibérica en el siglo VI.
El retablo mural de San Pedro fue descubierto en el año 1895 con motivo de la gran campaña de restauración de la iglesia de San Pedro. Es una de las obras más excepcionales que conservamos en el mundo, sobre todo por su concepción como retablo exento del muro absidal, totalmente inusual en el periodo medieval.
El retablo cubre la totalidad del lóbulo central del ábside y presenta pintura mural en dos registros divididos por una viga de madera.
La parte inferior es rectangular y acoge la representación del Paso del Mar Rojo. La parte superior, de forma semicircular, presenta una decoración en primer plano de ángeles y querubines, y cinco hornacinas con San Pedro, San Pablo y el Tetramorfos, los símbolos de los 4 evangelistas. El retablo fue realizado entre los siglos VII-VIII, por lo tanto, en una etapa posterior a las pinturas de los ábsides de Santa María y San Miguel.
