L’any 1995 s’iniciaren les primeres excavacions de la nova etapa, dirigides pels arqueòlegs Antonio Moro, Antoni Rigo i amb la coordinació de Francesc Tuset. La campanya següent, dirigida per l’arqueòleg terrassenc Antonio Moro, es va fer els anys 1996-1997 i es va estendre cap a l’edifici de Sant Miquel.
Des de l’any 1999 fins al 2003 es varen portar a terme campanyes d’excavació gairebé ininterrompudes. Aquest procés ha permès conèixer molt a fons l’evolució cronològica de l’espai des dels primers pobladors ibers fins a l’actualitat.
En el marc del Projecte, es van desenvolupar dos subprojectes: el "Pla especial del conjunt monumental i el seu entorn" i el "Pla Director del conjunt monumental de les Esglésies de Sant Pere". En el marc d'actuació del Pla Director es van dur a terme diverses accions per aprofundir en el coneixement científic del conjunt de les tres esglésies i procurar la difusió entre els ciutadans: adequació i restauració del conjunt, definició dels usos litúrgics i culturals, intervencions arqueològiques i museografia.
Per a la redacció i execució del Pla Director es va signar un conveni de col·laboració entre la Generalitat de Catalunya, la Diputació de Barcelona, l'Ajuntament de Terrassa, el bisbat de Barcelona i la parròquia de Sant Pere.
Avui la Seu d'Ègara forma part d’una de les seccions del Museu de Terrassa i presenta una nova proposta museística que ha despertat l’interès d’estudiosos de diferents disciplines acadèmiques. El conjunt és un compendi d’art, d’història i cultura que permet una mirada al passat des dels seus orígens, a l’època ibèrica i romana, passant pels successius períodes alt medieval, romànic, gòtic, modern i contemporani.
