Malgrat tot, durant el segle XVII el nou vicari Joan Arnella va iniciar un conjunt d’actuacions per tal de revitalitzar les esglésies. La seva activitat restauradora es va centrar sobretot en l'església de Santa Maria, amb motiu de la commemoració del 500è aniversari de l’acte de consagració de l’edifici l’any 1112.
Durant la segona meitat del segle XVII es va construir la capella de Sant Valentí. Actualment, al fons d’aquesta capella hi trobem l’únic retaule pròpiament barroc que es conserva a Terrassa. És un retaule probablement de finals del segle XVII, del qual només es conserva l’estructura original.
Entre els segle XVI i XVIII es van encarregar diversos retaules. Avui se’n conserven tres, encara que cap d’ells complet: el retaule major de Santa Maria, obra dels artistes Baptista Palma i Joan Basí, elaborat els anys 1611-12. I el retaule de la Mare de Déu del Roser, encarregat per la confraria del mateix nom i pintat a les acaballes del segle XVI. Estava ubicat al transsepte de Santa Maria.
Tenim constància de tres retaules més, però només conservem fragments. El dedicat a Sant Sebastià, amb tres taules pintades, ubicat originalment a l’església de Sant Pere. El major de Sant Pere, del qual conservem tres escultures policromades; i un tercer que havia estat a l’església de Sant Miquel, del qual conservem el frontó, dos laterals i la predel·la.
Els anys 1880-1881 es va construir l’actual capella del Santíssim Sagrament, que es troba annexada a l’església de Sant Pere i s’hi accedeix per la capella de Sant Valentí. L’actual decoració és resultat d’una remodelació de l’any 1948: les pintures del presbiteri i de les voltes de la nau són obra de Ricard Marlet i els mosaics del paviment són de Santiago Padrós.
La capella de la Mare de Déu de Montserrat està situada al transsepte sud de Sant Pere. En aquesta capella hi destaca l’altar presidit per una talla de fusta de la Mare de Déu de Montserrat. Aquest altar va ser dissenyat per Josep M. Gassó i esculpit i pintat per Francesc Sitjar l’any 1954.
